O STJ é o órgão superior da hierarquia dos tribunais judiciais, sem prejuízo da competência própria do Tribunal Constitucional (artigo 210.º, n.º 1 da Constituição da República Portuguesa e artigo 31.º da Lei n.º 62/2013 de 26 de agosto – LOST).

Com competência em todo o território e sede em Lisboa, o STJ compreende secções em matéria cível, em matéria penal e em matéria social (artigos 43.º, n.º 1, 45.º e 47.º n.º 1, da LOST).

Compreende ainda uma secção do contencioso, para julgamento dos recursos das deliberações do Conselho Superior da Magistratura, bem como das decisões proferidas pelo Presidente do STJ e pelos Presidentes dos Tribunais da Relação, nas matérias previstas na al. f) do n.º 1 do artigo 62.º da LOSJ (artigos 47.º, n.º 2, 62.º, n.º 2 e 76.º, n.ºs 1 e 4, da LOSJ).

Existe também uma formação das secções criminais, constituída pelos presidentes das secções criminais e por um juiz designado pelo Conselho Superior da Magistratura, de entre os mais antigos destas secções, que procede ao controlo e autorização prévia da obtenção de dados de telecomunicações e Internet no quadro da atividade de produção de informações em matéria de espionagem e terrorismo do Serviço de Informações de Segurança e do Serviço de Informações Estratégicas de Defesa, bem como à autorização judicial para conservação de dados de tráfego e de localização no âmbito da Lei n.º 32/2008, de 17 de julho (artigo 47.º, n.º 4, da LOSJ)

O STJ conta com um quadro de 60 Juízes, designados Juízes Conselheiros, a que acrescem quatro Juízes militares, um por cada ramo das Forças Armadas e um da GNR (mapa I do Dl 49/2014 de 27 de março).

O STJ funciona sob a direção de um presidente, em plenário do tribunal, em pleno das secções especializadas e por secções (artigo 48.º, n.º 1, da LOSJ).

Funcionando em plenário compete-lhe julgar recursos das decisões proferidas pelo pleno das secções criminais e exercer as demais competências conferidas por lei (artigo 52.º da LOSJ).

Compete ao pleno das secções, segundo a sua especialização:

a) Julgar o Presidente da República, o Presidente da Assembleia da República e o Primeiro-Ministro pelos crimes praticados no exercício das suas funções;

b) Julgar os recursos de decisões proferidas em primeira instância pelas secções;

c) Uniformizar a jurisprudência, nos termos da lei de processo (artigo 53.º da LOSJ).

As secções cíveis julgam as causas que não estejam atribuídas a outras secções, as secções criminais julgam as causas de natureza penal e as secções sociais julgam as causas referidas no artigo 126.º da LOSJ (artigo 54.º, n.º 1, da LOSJ).

Compete às secções, segundo a sua especialização:

a) Julgar os recursos que não sejam da competência do pleno das secções especializadas;

b) Julgar processos por crimes cometidos por juízes do Supremo Tribunal de Justiça e dos tribunais da Relação e magistrados do Ministério Público que exerçam funções junto destes tribunais, ou equiparados, e recursos em matéria contraordenacional a eles respeitantes;

c) Julgar as ações propostas contra juízes do Supremo Tribunal de Justiça e dos tribunais da Relação e magistrados do Ministério Público que exerçam funções junto destes tribunais, ou equiparados, por causa das suas funções;

d) Conhecer dos pedidos de habeas corpus, em virtude de prisão ilegal;

e) Conhecer dos pedidos de revisão de sentenças penais, decretar a anulação de penas inconciliáveis e suspender a execução das penas quando decretada a revisão;

f) Decidir sobre o pedido de atribuição de competência a outro tribunal da mesma espécie e hierarquia, nos casos de obstrução ao exercício da jurisdição pelo tribunal competente;

g) Julgar, por intermédio do relator, os termos dos recursos a este cometidos pela lei de processo;

h) Praticar, nos termos da lei de processo, os atos jurisdicionais relativos ao inquérito, dirigir a instrução criminal, presidir ao debate instrutório e proferir despacho de pronúncia ou não pronúncia nos processos referidos na alínea a) do artigo 53.º e na alínea b) do presente artigo;

i) Exercer as demais competências conferidas por lei (artigo 55.º da LOSJ).

O STJ funciona como tribunal de instância nos casos em que a lei o determina (n.º 2 do artigo 31.º da LOSJ), designadamente aquando do julgamento do Presidente da República, do Presidente da Assembleia da República e do Primeiro-Ministro, por crimes praticados no exercício das suas funções (n.º 1 do artigo 130.º da Constituição da República Portuguesa e alínea a) do artigo 53.º da LOSJ) e, em qualquer caso, dos Juízes e Magistrados do Ministério Público dos Tribunais Superiores (artigo 55.º, al. b), da LOSJ).

O Ministério Público é representado no STJ pelo Procurador-Geral da República que se pode fazer coadjuvar e substituir pelo Vice-Procurador-Geral da República e por oito procuradores-gerais adjuntos (artigos 8.º, n.º 1, al. a), 19.º, n.º 1, al. b), 20.º, 172.º do Estatuto do Ministério Público e artigos 10.º n.º 1, al. a) e 62º, n.º 2 da LOSJ e mapa V do DL 49/2014 de 27 de março.

O STJ dispõe de assessores que coadjuvam os magistrados judiciais e os magistrados do Ministério Público, nos termos definidos na lei (artigo 34.º da LOSJ).